Discreta e priva di appesantimenti si rivela la decorazione in stucco, che corre lungo le pareti della navata centrale, realizzata nel 1655 per volontà di Ascanio Guicciardi, cui si accompagnano le tele del Salvatore, della Vergine e degli Apostoli, dipinti di buona mano di ignoto pittore della secentesca Scuola Milanese.

Evidente risulta l’ampliamento del 1626 del coro con volta a botte direttamente innestata su quella a crociera del presbiterio. Su quest’ultima sono venuti alla luce i frammenti della decorazione quattrocentesca con le immagini dei Padri della Chiesa assisi su elaborate scranne gotiche.

Domina la navata centrale l’altare maggiore in marmi policromi in eleganti linee tardo-barocche, realizzato nel 1780 da Gabriele Longhi che sostituì la maestosa ancona dorata del 1623-26, purtroppo distrutta, di Giuseppe Bulgarini (il noto autore della monumentale cassa dell’organo del santuario della Madonna di Tirano).
Fanno corona all’altare sei grandi tele, dipinte attorno al 1650 dal ticinese G. Battista Soldati, raffiguranti gli episodi salienti della vita di santa Eufemia. Da sinistra verso destra: il Battesimo, il Processo, il Martirio in tre distinti momenti – il Supplizio con la sega, la Condanna al rogo, la Fossa dei Leoni – e, da ultimo, la Proclamazione del dogma riguardante la duplice natura di Cristo nell’assise di Calcedonia, celebrata all’interno della basilica dedicata alla Santa.

Una delicata immagine in stucco dorato di santa Eufemia domina la parete del coro, sopra gli stalli, notevoli per pregio artistico e per il materiale impiegato, il noce con vari intarsi di legno diverso.

Non meno di valore per la lavorazione a intaglio, ricco di statuine e di ornamenti classicheggianti, è l’altare rivolto ai fedeli, ricavato, al pari dell’Ambone, dal pulpito, opera dei primi anni del Seicento, di cui resta nella navata centrale il cielo.

Dall’architrave dorata sotto l’arco trionfale, simulante il Golgota, all’inizio del presbiterio, si eleva sopra le parole di un versetto del libro dell’Esodo una grande croce con il Crocifisso dai tipici tratti veristici del primo Cinquecento lombardo. Sovrasta la mensa dell’altare una preziosa lampada d’argento del XVIII secolo, lavorata a sbalzo e bulino.

Merita considerazione la neo-classica cassa dell’organo di Egidio Sgritta, allievo dei celebri Serassi, il quale sistemò tra le varie canne quelle provenienti dal santuario della Madonna del Piano di Bianzone, sul quale Teglio vantava alcuni diritti, invaso nel 1870 dalle acque del vicino torrente.