Prestando un po’ d’attenzione potremo rintracciare le orme del primitivo tempio: antiche parti murarie, vani tamponati, le arcate semidistrutte del porticato prospiciente la valle, una serie di archetti ciechi di matrice medievale e le solide basi del campanile vagamente romanico, alzato successivamente di alcuni metri con nuova cella campanaria e nuova cuspide.
“Rude e antica” definì del resto fin dal 1697 il vescovo Bonesana questa chiesa, la quale probabilmente già aveva subito qualche ristrutturazione. Gli interventi più decisivi furono però attuati nella seconda metà dell’Ottocento al tempo del parroco Giovanni Ambrosini. Nel 1885, su progetto di Antonio Iuvalta, con il contributo di volontari del luogo e maestranze di muratori si procedette alla costruzione delle volte, della facciata e all’intonacatura di tutte le pareti per conferire all’interno un volto meglio corrispondente ai desiderati canoni estetici per i luoghi di culto, secondo il gusto trionfalistico del tempo. Conclusi i lavori, il 6 maggio 1893 la chiesa venne solennemente consacrata dal vescovo diocesano Andrea Ferrari - oggi beato -, “giorno veramente caro ai parrocchiani di Carona, del quale se ne celebra l’anniversario nella prima domenica di maggio d’ogni anno”, annota il parroco Apollonio.
Della sua fondazione, che si vuole avvenuta nell’Alto Medioevo con dedicazione alla Madonna, nulla di certo si conosce, come del resto è ignota la data della intitolazione a Sant’Omobono, genericamente riferita al XII secolo.
Data la lontananza dalla pievana di Sant’Eufemia di Teglio, fin dal 1310, secondo le cronache del parroco Apollonio, la comunità aveva chiesto al vescovo che la chiesa fosse eretta in parrocchia autonoma, concessione avvenuta nel 1425.  Dagli atti della visita del vescovo Gerardo Landriani del 1444-45, si apprende che la chiesa di Sant’Omobono poteva contare su un “beneficiale”, cioè un sacerdote, incaricato dalla curia vescovile e mantenuto a spese della comunità. Tra le sue mansioni, aveva facoltà di somministrare il battesimo senza doversi recare nella lontana sede della pieve.
Dalle annotazioni del vescovo, risulta che il prete di allora, tale presbiter Silvester de la Porta, per altro padre di più figli avuti dal concubinato e privo delle fondamentali conoscenze del credo cattolico, dichiarò, in risposta alle domande del visitatore, di non poter conservare nella chiesa “il Santissimo Corpo del Signore” mancando il tabernacolo o altro vano per riporlo, affermazione quest’ultima che indusse il vescovo a ordinare agli uomini di Carona di procurare entro sei mesi un tabernacolo con relativo lume sempre acceso a spese della comunità, pena, qualora l’ordine venisse disatteso, il divieto di celebrare la messa nella chiesa e l’impedimento dell’ingresso nel tempio a tutti coloro che non si fossero confessati e comunicati.
Nomina la “chiesa parrocchiale dedicata a sant’Omobono” il vescovo Ninguarda nella visita pastorale del 1589, il quale afferma che la comunità conta circa duecento famiglie tutte cattoliche, ma nulla riferisce riguardo all’edificio sacro, al pari del convisitatore Traiano Spandrio a Carona per conto del presule comense il 21 ottobre 1589. Il vescovo Torriani, in visita nel 1668, ordina l’erezione canonica del “Monte di pietà consistente in 22 some di segale da imprestarsi ai poveri”, istituito da molti anni e “detta le regole del buon governo e mantenimento”, segno evidente che l’aspetto caritativo era tenuto in considerazione dalla comunità parrocchiale.
Lo zelo dei parroci e l’impegno dei fedeli hanno consegnato al tempo un luogo sacro decoroso, come possiamo notare non appena varchiamo la soglia della chiesa. Ci accoglie infatti un ambiente molto accogliente e ben curato in ogni suo dettaglio, nonostante la discesa a valle dei parrocchiani.