Fin dal 1614, il vescovo Archinti in visita pastorale la trovò in disordine e molto trascurata, situazione che peggiorò notevolmente con il passare degli anni, come attesta un altro vescovo - Carlo Ciceri - nel 1681, che la definisce “male in arnese sì di fabbrica, come di suppellettile”, fino al collasso vero e proprio con la minaccia di crollo di buona parte dell’edificio, fatto che effettivamente si verificò nel 1875 nel corso dei restauri. Dalla stampa dell’epoca apprendiamo che: “incominciata la demolizione della facciata (che era fatiscente), questa crollò quasi ad un tratto con parte dei fianchi e del volto (le volte di copertura)”. Per salvare da sicura rovina la chiesa, dopo anni di discussioni e di tentativi, si era formato nel 1874, grazie all’interessamento appassionato del professor Fabio Besta (il fondatore della moderna ragioneria), il Comitato promotore restauri chiesa di S. Lorenzo contrada Lago, cui diedero il loro appoggio e contributo le maggiori personalità della provincia, tra cui il pittore Antonio Caimi, il tellino Carlo Morelli, direttore delle Scuole tecniche di Lecco, il patriota-senatore Luigi Torelli, Emilio Visconti Venosta, allora ministro degli esteri, e molti generosi tellini.
Grazie a questo intervento, portato a termine con i lavori conclusivi sulle coperture solo nel 1901, che aveva comportato la totale ricostruzione delle volte, della facciata e del campanile a vela, la vetusta chiesa ritrovò una statica sicura. Molto restava però da fare per un onorevole recupero dell’interno e del suo tesoro d’arte pittorica, fortemente compromesso dall’incuria e dall’acqua piovana che vi penetrava. Inoltre buona parte della superficie affrescata era stata coperta da calce fin dal XVIII secolo, risultando molto rovinata da far pensare allora che le pitture “deformavano più che ornare”. Salvare ciò che rimaneva dell’antica dipintura con la relativa tutela si poneva del tutto prioritario per evitare la perdita definitiva di un bene artistico così importante.
Tra i vari interventi del Novecento, non si può non ricordare la posa in cemento di “orrendi ortopedici cassoni” – come li definì indignata l’archeologa tellina Maria Reggiani Rajna -  lungo tutto il perimetro esterno con grave danno estetico. Dopo forti insistenze, finalmente furono rimossi un decennio dopo, essendosi rivelati del tutto inutili, anzi dannosi, al fine di preservare la chiesa dall’umidità. Con altrettanta insipienza, si stese, negli anni Settanta sui tre lati del presbiterio sotto le superfici dipinte, una fascia di intonaco di puro cemento, provocando la risalita di ondate di umidità e di salnitro che danneggiarono gravemente la pittura.
Ripuliti i muri e lasciati respirare senza alcun intonaco per diversi anni e fatto nel contempo intorno alla chiesa un canale di aerazione per eliminare le cause dell’umidità, infine, nel 1993 si poté procedere al restauro generale degli affreschi, finanziato dal Lions Club Tellino.