Solo dopo attenta analisi è possibile cogliere le dissimmetrie registrate nella pianta. Naturale torna, a questo punto, la domanda sui motivi di queste irregolarità, non certo dovute a incapacità o a superficialità del capomastro e dei costruttori.
Non si può pensare, inoltre, a condizionamenti del terreno, dovendo necessariamente poggiare i pilastri su parti in grado di sopportare il peso della costruzione, fatto escluso dal recente scavo archeologico del 2011- 2012.
Una ricerca a tutto campo potrebbe dare una chiara risposta a cominciare dalla constatazione dell’esistenza in area lombardo-ticinese e nelle limitrofe regioni d’oltralpe di numerose chiese, aventi la stessa caratteristica con vistose asimmetrie e irregolarità nell’impianto, tutte sorte tra l’XI e il XII secolo con chiaro riferimento alla tipologia architettonica proposta dai monaci cluniacensi. L’indagine conduce lontano, ai Padri della Chiesa, per i quali “l’edificio sacro rappresenta il Cristo come divinità manifestata sulla terra”, e agli studiosi di arte sacra e di liturgia medievali come Onorio d’Autun e Guillaume Durand de Mende per i quali il tempio, simbolo del corpo di Cristo, riproduce in pianta lo stesso Crocifisso.
Di conseguenza, la base iconografica della chiesa non può che assumere la forma della croce. Non è da escludere, anzi pare del tutto convincente, che la navata centrale, nel suo sviluppo leggermente sinuoso, voglia rappresentare il corpo di Gesù disteso sul legno della croce.
Nella chiesa di S. Eufemia, pur mancando il transetto, che come noto ricorda il braccio orizzontale della croce, il medesimo risultato è ottenuto con la presenza a capo delle navate laterali di un altare, precedentemente situato in apposita absidiola. Non è certo un caso che gli altari siano dedicati alla Vergine Maria e a san Giovanni Battista, come nella deesis bizantina, nella quale le immagini degli intercessori - la Madonna e il Battista - sono associate ai lati di quella centrale del Cristo, la cui immagine viene qui emblematicamente evocata dal Crocifisso con il capo piegato sulla spalla destra simboleggiato dal presbiterio, il luogo sacro per eccellenza. Si spiega in tal modo la deviazione di alcuni gradi del luogo dell’altare maggiore dall’asse centrale della chiesa e il fatto che il pilastro di sinistra, a capo della navata, sia ancor più vistosamente fuori squadra rispetto agli altri quasi per predisporre e accompagnare la dissimetria del presbiterio.
Questa caratteristica della collegiata di S. Eufemia conferisce all’edificio un chiaro valore aggiunto che, nell’attestare l’antichità dell’impianto architettonico e l’approdare in Valtellina di moduli costruttivi pienamente in sincronia con le tendenze del tempo, avvalla, con la presenza della struttura a deesis dei tre altari appaiati - probabile retaggio delle dedicazioni della primitiva chiesa - l’ipotesi di una fondazione nell’alto Medioevo, vicina all’ambito bizantino.
A titolo d’esempio il giorno di s. Eufemia, 16 settembre, non appena i raggi irrompono nella chiesa dai vari occhi tondi del fianco meridionale, vanno a posarsi sui pilastri del lato sinistro della navata, quasi a indicare il loro studiato posizionamento.